Hasieratik, GAUTENAk kalitate zerbitzu bat lortzearen aldeko apustua egin zuen, eta aplikatu beharreko eredu teknikoa eta kudeaketa eredua hobetzeko joera mantentzen saiatzen da.

Kalitatea mantentzeko saiakera horrekin nazioartean garrantzitsuenak diren autismoa duten pertsonentzako programekin harremanetan jarraitzeaz gain, 1997ko urtarrilaren 1ean ISO 9001 araua ezarri genuen, eta 1998ko otsailean AENORek (Espainiako egiaztapen eta normalizazio agentziak) GAUTENA egiaztatu zuen.

2000ko otsailean, Erresuma Batuko Autismoaren Elkarteak (National Autistic Society www.nas.org.uk) GAUTENARI egiaztapena eman zion, GAUTENAko zerbitzuetan Kalitateko Egiaztapenen sistema aplikatuz. 2002an, Gipuzkoako Foru Aldundiko Kalitateko Gizartekintza I. sarietan, GAUTENAri buruz aipamen berezia egin zuten.

GAUTENAk Kalitate Osoko EFQM modeloa ezarri zuen kudeaketarako erreferente gisa. Modelo horren arabera, 1999an eta 2003an, bi ebaluazio egin zituen eta esparru horietan lanean jarraitzen du.

Kalitatearen esparruan aurrera egiteko, GAUTENAk beste erakunde batzuen laguntza du, Euskal Autonomia Erkidegoanwww.euskalit.es, Estatuan www.feaps.org , eta nazioartean www.thecouncil.org