GAUTENA es una Asociación de Familias siendo su máximo órgano la Asamblea. Existe una Junta Directiva representante de todas las familias y elegida por la Asamblea.
En vías de garantizar la máxima participación de las familias recogiendo sus aportaciones existe unas Comisiones de Seguimiento de los Servicios en la que participan representantes de las familias y responsables de los servicios. Actualmente existen cinco comisiones:
CONSEJO ESCOLAR: Organo que realiza el seguimiento del servicio educativo.
COMISION DE VIVIENDA: Realiza el seguimiento del Servicio de Vivienda
COMISION DE CAD: Realiza el seguimiento de los Centros de Actividades de Día
COMISION DE OCIO: Realiza el seguimiento del programa de Ocio y Tiempo libre
COMITÉ DE MEJORA DE LA CALIDAD: Realiza el seguimiento de las normas para la mejora de la calidad.